creation fonction mcq.write

aide a faire

MCQR/DESCRIPTION

@@ -2,7 +2,7 @@ Package: MCQR
 Type: Package
 Title: a R Package for Analysis of Mass-Spectrometry-Based Proteomics Data
 Version: 0.5.2
-Date: 2021-08-31
+Date: 2021-09-06
 Author: PAPPSO team (pappso-projetsbioinfo@groupes.renater.fr)
 Maintainer: PAPPSO team <pappso-projetsbioinfo@groupes.renater.fr>
 Description: R package dedicated to the statistical analysis of mass-spectrometry-based proteomic data.

MCQR/NAMESPACE

@@ -139,6 +139,7 @@
 	export("mcq.write.merge")
 	export("mcq.write.metadata.template")
 	export("mcq.write.synthesis")
+	export("mcq.write")
 
 
 # Other Functions

MCQR/R/mcq_write.R

+#### Fonction pour effectuer toute les operation d'ecriture de fichier  de resultat pour mcqr
+### peut prendre en entrée des dataframes uniquement (en empilé ou depilé)
+### permet d'exporter en ods ou en tsv au choix
+### pour le format tsv on doit ajouter le separateur de decimal et de colonne
+### vu que le fichier peut etre en csv ou en ods ne pas mettre d'extension dans le nom du fichier (ou bien le supprimer si existant )
+### extension en fonction du format et des séparateur
+
+
+mcq.write <- function(object, type="text", sep="\t", dec=".", file="export"){
+
+  ### check argument
+  error_messages = list()
+  j=1
+  if(!is.character(type) || !(type %in% c("flat", "ods"))){
+    error_messages[[j]] = "The 'type' argument must be 'flat' or 'ods'."
+    j=j+1
+  }
+  if(!is.character(sep) && !(type %in% c("\t", ",", ";"))){
+    error_messages[[j]] = "The 'sep' argument must be '\t', ',' or ';'."
+    j=j+1
+  }
+  if(!is.character(dec) && !(type %in% c("\\.", ","))){
+    error_messages[[j]] = "The 'sep' argument must be ',' or '.'."
+    j=j+1
+  }
+  if(!is.character(file)){
+    error_messages[[j]] = "The 'file' argument must be characters."
+    j=j+1
+  }
+  if(str_count(file, "\\.") != 0){
+    error_messages[[j]] = "Please do not specify extension for file argument. It will be automatically add."
+    j=j+1
+  }
+  if(sep == dec){
+    error_messages[[j]] = "It is not possible to have the same argument for the sep argument and the dec argument."
+    j=j+1
+  }
+  if(!("data.frame" %in% class(object))){
+    error_messages[[j]] = "the object must be a data.frame."
+    j=j+1
+  }
+
+  if (length(error_messages) != 0){
+    stop(paste("Error on argument format:\n", paste(error_messages, collapse="\n"), sep=""))
+  }
+
+
+
+  if(type == "ods"){
+    filename = paste0(file, ".ods")
+    write_ods(object, filename, sheet = "Sheet1")
+  }else if(type == "flat"){
+    if(sep == "\t"){
+      filename = paste0(file, ".tsv")
+    }else{
+      filename = paste0(file, ".csv")
+    }
+    write.table(object, file=filename, sep=sep, dec=dec, row.names=F)
+  }
+
+}